Fiskeridirektoratet gir årlige føringer for hvilke områder og tema som er nasjonalt prioriterte for akvakulturtilsynet. Prioriteringene er risikobaserte, med utgangspunkt i våre samlede erfaringer og kunnskaper på området. Tilsynene organiseres ofte som en tilsynskampanje, der målet er å utfordre, gi retning til og påvirke næringen i arbeidet med å etterleve regelverket.